Además de MP3, AAC, WAV y AIFF, el XDJ-1000MK2 soporta formatos de audio de alta calidad FLAC y ALAC de hasta 48 kHz/24 bits. Se ha añadido una salida digital para enviar audio sin degradación, mientras que la fuente de alimentación para el audio analógico está completamente separada del circuito digital para reducir el ruido.